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值得注意的是,由霍尔姆斯参与的另一项最近发表在预印本网站bioRxiv上的研究显示,中国科学院西双版纳热带植物园去年在云南的马来菊头蝠中采集到的粪便样本中新发现了一种蝙蝠冠状病毒(RmYN02)。RmYN02中也观察到S1/S2裂解位点PAA氨基酸的独立插入。

他们在文章中提到,在此次疫情暴发的时候那里仍然可以买到多种哺乳动物。然而,由于并非所有的早期案例都与市场有关,新冠病毒出现的故事可能比最初推测的更为复杂。

他们代表了参与新冠病毒初始基因组测序工作的最早一批科学家,试图厘清其起源脉络。

作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。

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然而,他们认为,试图确定重组事件的确切模式和基因组起源是困难的,特别是因为许多重组区域可能很小,而且随着对更多与新冠病毒相关的病毒取样,它们很可能还会发生改变。“为了解决这些问题,有必要再次对动物种群中的病毒多样性进行更广泛的采样。”

作者们在2020年1月5日获得一个完整的病毒基因组。初步分析表明,该病毒与SARS样病毒(冠状病毒科)密切相关。他们立即将这一结果报告给了相关部门,并在同一天向NCBI/GenBank提交了基因组序列(Wuhan-Hu-1毒株)。随后,在爱丁堡大学Andrew Rambaut博士的帮助下,作者们于2020年1月11日在开放获取病毒学网站(http:// virological.org/)上公布了该病毒的基因组序列。随后,中国疾控中心在公众访问GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)发布了新冠病毒基因组序列,以及相关的流行病学数据。

作者们还推测,COVID-19病例数和病死率的任何下降更可能是由于人群免疫力的提高,而不是病毒的突变。

值得注意的是,作者们在文章中提及,基于他们过于研究冠状病毒的经验,除了在动物宿主中发生演化外,早在2019年12月之前,病毒可能已经在在人群“隐秘传播”(cryptic spread)阶段发生了一些关键突变。

本通告自2020年3月27日起施行。